Les 5 missions de l’enseignement agricole, définies dans la loi d’orientation agricole de 1999, sont les suivantes :

• Formations initiales et professionnelle continue
• Expérimentation et développement rural
• Animation du milieu rural
• Coopération internationale
• Insertion scolaire, sociale et professionnelle

Pour l’enseignement agricole en région, l’autorité académique (c’est à dire le pouvoir de décision et d’organisation) est confiée au Directeur Régional de l’Agriculture et de la Forêt (D.R.A.F.) et par délégation au Chef du Service Régional de la Formation et du Développement (S.R.F.D.). Il s’agit d’une fonction équivalente à celle du Recteur d’Académie pour l’Education Nationale, notamment l’autorité hiérarchique des établissements d’enseignement agricole de la région Rhône-Alpes. La D.R.A.F. Rhône-Alpes et son service dédié sont basés à Lyon.

Le S.R.F.D. met en œuvre la politique nationale en matière d’orientation, d’éducation, de pédagogie, de formation, d’organisation des examens et de délivrance des diplômes. Il gère les crédits pédagogiques et de fonctionnement délégués par le Ministère de l’Agriculture pour la région. Il intervient également dans la gestion des personnels et dans les décisions d’ouverture et de fermeture des filières de formation. Il organise les examens et délivre les diplômes dépendant du Ministère de l’Agriculture.
Il coordonne les actions d’expérimentation, d’animation rurale et de coopération internationale menées par les établissements d’enseignement agricole.

Il est l’interlocuteur de la Région Rhône-Alpes pour tout ce qui concerne les locaux des établissements, l’équipement en matériel pédagogique, l’aide au fonctionnement pédagogique, ainsi que pour l’organisation et le financement des formations pour adultes et en apprentissage.